Nació el 27 de agosto de 1769 en la ciudad de Quito.
Manuela se distinguió por ser una mujer independiente y visionaria, por esta razón al mudarse a la casa parroquial junto a la iglesia del Sagrario, Manuela ya era una conocida dama ilustrada que organizaban tertulias para discutir sobre política, literatura, ciencia, artes y también los cotilleos del día. Hombres y mujeres de la alta sociedad quiteña eran asiduos visitantes de tan bella casa y de su amable anfitriona.
Durante la noche del 9 de agosto de 1809, Manuela Cañizares se convirtió en la anfitriona de una reunión para 38 invitados, pero en la que se organizarían los eventos para la proclamación del grito libertario Quiteño, que tendría lugar en la madrugada del día 10.
Fue así que en la noche del 9 de agosto de 1809, en circunstancias en que los patriotas quiteños tuvieron un momento de debilidad que pudo hacer fracasar el movimiento revolucionario, con inusitado valor se convirtió en la heroína espiritual del golpe, parándose con determinación frente a ellos para arengarlos con esas palabras que la convirtieron en protagonista de la historia:
¡»Cobardes…! Hombres de poca fe, nacidos para la servidumbre… ¿De qué tenéis miedo? ¡No hay tiempo que perder»!
Algunas semanas más tarde, cuando el conde Ruiz de Castilla recobró el poder y se produjo la represión militar, Manuela debió esconderse por algún tiempo en una hacienda del Valle de los Chillos, mientras en la ciudad se instauraba el proceso penal contra los sublevados y se pedía pena de muerte también para Cañizares.
Cuando pudo volver a la ciudad se refugió en casa de unos amigos, quienes vivían en el barrio de San Roque.
Los historiadores resumen que murió meses después de hacer su testamento, el 15 de diciembre de 1814.
José Dolores Monsalve señala que el deceso ocurrió estando asilada en el convento de Santa Clara de Quito, mientras que otros historiadores señalan que murió aún escondida en los Chillos.
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